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在处理按份共有关系的双方共有房屋产权时，根据《民法典》的相关规定，按份共有的双方均有权将自己的份额分出或转让。但需注意，任何一方不经他方同意不得擅自处分房屋，且在同等条件下，另一方有优先获得权。这意味着，如果其中一方想要出售自己的份额，需要先征得另一方的同意，并确保在同等条件下，另一方有机会优先购买。
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在处理双方共有房屋产权纠纷时，建议首先明确共有关系类型，是按份共有还是共同共有。其次，了解各自的权利和义务，避免擅自处分房屋。最后，若发生纠纷，应尝试通过友好协商解决；协商不成时，可依据相关法律法规，如《民法典》中关于共有的规定，寻求法律途径解决，以维护自身合法权益。
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对于共同共有关系的双方房屋产权，在关系终止时，应按照以下方式处理：首先，尝试友好协商；若协商不成，有协议的按照协议处理；无协议的，则根据等分原则处理，并考虑共有人对房屋的贡献大小、照顾共有人生产生活的实际需要等情况。这样既能保障双方的合法权益，又能体现公平原则。